Kościół św. Jana Pawła II – rzymskokatolicka świątynia znajdująca się w południowej części Krakowa, w Dzielnicy IX przy ul. Totus Tuus, około 0,8 km na południe od Sanktuarium Bożego Miłosierdzia w Łagiewnikach. Jest jedną z budowli Centrum Jana Pawła II „Nie lękajcie się”.