Muzeum Farmacji im. mgr Antoniny Leśniewskiej – jeden z oddziałów Muzeum Historycznego m.st. Warszawy poświęcony historii farmacji w Warszawie i w Polsce.
Państwowe Muzeum Archeologiczne (PMA) w Warszawie – muzeum poświęcone archeologii, zlokalizowane w Warszawie w dzielnicy Śródmieście przy ul. Długiej 52, od 1958 roku z siedzibą w historycznym budynku warszawskiego arsenału.
Muzeum Cechu Rzemiosł Skórzanych im. Jana Kilińskiego – muzeum na warszawskim Starym Mieście mieszczące się w Kamienicy Szewców przy ulicy Wąski Dunaj 10.
Muzeum Historyczne m.st. Warszawy – muzeum gromadzące i prezentujące zbiory związane z historią Warszawy, mieści się w jedenastu kamienicach przy Rynku Starego Miasta i ul. Nowomiejskiej.
Muzeum Ziemi Polskiej Akademii Nauk w Warszawie jest wielodziałową placówką muzealną, która oprócz podstawowej misji jaką jest gromadzenie zbiorów i ochrona dziedzictwa geologicznego, prowadzi prace badawcze i dokumentacyjne oraz szeroką działalność w zakresie popularyzacji nauk o Ziemi i upowszechni
Muzeum Harcerstwa – instytucja muzealna z siedzibą w Warszawie, jednostka organizacyjna o charakterze naukowo-badawczym i kulturalno-oświatowym, powołana i prowadzona przez Związek Harcerstwa Polskiego. Muzeum zostało utworzone w dniu 6 czerwca 2001 roku przez Naczelnika ZHP hm.
Muzeum Azji i Pacyfiku w Warszawie – muzeum założone w 1973 roku w Warszawie. Jest jedynym w Polsce posiadającym wyłącznie zbiory poświęcone kulturom krajów Azji, Oceanii oraz Australii.
Kamienica Łyszkiewicza – zbudowana w drugiej połowie osiemnastego wieku (lata 1782 – 1787) na Nowym Mieście, powstała poprzez połączenie dwóch innych kamienic. Uczynił to architekt Szymon Bogumił Zug na zlecenie polskiego zamożnego bankiera Macieja Łyszkiewicza.
Muzeum Adwokatury Polskiej przy Naczelnej Radzie Adwokackiej – muzeum znajdujące się w Warszawie przy ul. Świętojerskiej 16 gromadzące zbiory dotyczące historii zawodu adwokata w Polsce od końca XVIII wieku.
Muzeum i Instytut Zoologii PAN – geneza muzeum sięga Gabinetu Zoologicznego powstałego w 1819 przy ówczesnym Królewskim Uniwersytecie Warszawskim i rozwijającego się do 1862 pod kierownictwem Feliksa Pawła Jarockiego.
Muzeum Archidiecezji Warszawskiej - muzeum kościelne w Warszawie prezentujące zbiory sztuki sakralnej. W zbiorach muzeum znajduje się ponad 20 tysięcy eksponatów w tym: malarstwo, grafiki, rzeźby, tkaniny, numizmaty, medalierstwo, złotnictwo.
Muzeum Przemysłu w Warszawie - nieistniejący oddział Muzeum Techniki w Warszawie. Muzeum zostało otwarte w 1982, mieściło się w zabytkowej fabryce Norblinów przy ulicy Żelaznej 51/53 na Woli.
W 2007 roku teren dawnej fabryki zmienił właściciela, a 2 czerwca 2008 muzeum zakończyło swoją działalność.
Muzeum Więzienia "Pawiak" – muzeum stanowiące upamiętnienie więzienia Pawiak, działającego w latach okupacji niemieckiej 1939-1944. Jest oddziałem Muzeum Niepodległości. Zostało otwarte zostało 28 listopada 1965 roku. Jego filią jest Mauzoleum Walki i Męczeństwa w al. Szucha 25.
Muzeum Historii Żydów Polskich (MHŻP) – placówka muzealna poświęcona historii i kulturze polskich Żydów, której siedziba znajduje się na warszawskim Muranowie przy ul. Anielewicza 6 obok pomnika Bohaterów Getta w Warszawie.
Muzeum Warszawskiej Pragi, Muzeum Pragi – muzeum w Warszawie poświęcone Pradze – prawobrzeżnej części miasta – i jej dziedzictwu.
Formalnie Muzeum Warszawskiej Pragi zostało powołane uchwałą Rady Warszawy w 2006 i jest oddziałem Muzeum Historycznego m.st. Warszawy.
